Oblasti zájmu

Studium karyotypu rodu Trifolium

• tvorba chromozomových preparátů zástupců rodu Trifolium
• studium specifických elementů Trifolium pratense a Trifolium medium a jejich přítomnosti u blízce příbuzných druhů metodou fluorescenční in situ hybridizace
• rekonstrukce evoluce karyotypu vybraných zástupců rodu Trifolium

• 1. Publikace, 2. Publikace, 3. Publikace

Hybridizace 25S rDNA (červeně) a pravděpodobné centromerické repetice (zeleně) Trifolium pratense na chromozomy blízce příbuzného Trifolium pallidum

Variabilita genů zapojených do procesu fixace dusíku a jejich využití ve šlechtění

• měření efektivity fixace dusíku mezi kontrastními genotypy T. pratense metodou ARA
• cílené sekvenování vybraných genů zapojených do procesů fixace dusíku a nodulace u kontrastních genotypů jetele lučního
• identifikace polymorfismů (SNP, SSR) ve vybraných genech, zjišťování míry asociace nalezených polymorfismů s fenotypovým znakem vysoké účinnosti fixace N
• využití vybraných polymorfismů k syntéze populačního čipu umožňující rychlé a masivní genotypování rostlin
• ověření účinku vybraných polymorfismů na expresi genu pomocí real-time PCR
• sekvenování transkriptomu genotypů kontrastních v úrovni fixace N, analýza diferenciální exprese genů
   
•   1.Publikace, 2.Publikace

Míra asociace zjištěných polymorfismů v sekvenovaných genech s účinností fixace dusíku u T. pratense.

Studium genomů kulturních a planých druhů rodu Trifolium, de novo sekvenování metodou Illumina

• vytvoření referenční sekvence kulturního druhu T. pratense
• analýza repetetivních a kódujících sekvencí cytogenetickými a bioinformatickými metodami
• vývoj druhově specifických DNA markerů pro T.pratense a T.medium, charakterizace kandidátních genů

•   1. publikace, 2. publikace, 3. publikace,

Charakterizace mezidruhových hybridů rodu Trifolium

• Charakterizace hybridů na cytogenomické a molekulárni úrovni
• Využití hybridů ve šlechtění
• Vyšlechtění odrůdy Pramedi, hybrida mezi planým druhem T. medium a kulturním T. pratense
   
•   1. publikace, 2. publikace, 3. publikace

Mezidruhová hybridizace v rámci rodu Trifolium a studium bariér křižitelnosti

• Hybridizace kulturního druhu T. pratense s planými příbuznými druhy (T. medium, T. sarosiense, T. alpestre) je zaměřena na introgresi nových znaků z planých druhů do kulturního
• Studium pre- a postzygotických bariér křižitelnosti po mezidruhové hybridizaci, např. T. pratense (4x) x T. medium
• 1. publikace, 2. publikace

Prezygotické bariéry (zabraňují oplození): neschopnost pylu klíčit na blizně nebo neschopnost pylových láček prorůstat čnělkou ​

Postzygotické bariéry (projevují se po oplození): defekty ve vývoji endospermu a embrya

Genetická determinace rezistence Hordeum vulgare k padlí travnímu a charakterizace genů rezistence k původci choroby Blumeria graminis f. sp. hordei. Identifikace nových genů odolnosti v genomu ječmene pomocí DNA markerů a jejich molekulární charakterizace.

• použití markerů SSR, CAPS, SNP
• jejich vizualizace na agarózových a PAGE gelech
• detekce systémy real-time PCR a Licor
• použití metod TGGE, HRM
   
•   1. publikace, 2. publikace, 3. publikace, 4. publikace, 5. publikace, 6. publikace, 7. publikace