Přednášky a cvičení pro studenty

Předmět je zaměřen na vysvětlení základních pojmů molekulární genetiky, jsou uvedeny poznatky o struktuře a funkci genů a genomů u jednotlivých skupin organismů. Detailně jsou vysvětleny procesy replikace, transkripce a translace, jimiž se udržuje a realizuje genetická informace v živých soustavách. Pozornost je věnována též molekulární podstatě mutací, rekombinací a transpozicí, které vedou ke změnám genetické informace. Součástí předmětu je rovněž kapitola pojednávající o genovém inženýrství.

Informace o předmětu v ISu

Kurz je zaměřen na výklad základních metod běžně používaných pro studium nukleových kyselin a proteinů a jejich interakcí a to jak v živých systémech, tak in vitro. Detailně jsou vysvětleny metody manipulace s nukleovými kyselinami, hybridizace nukleových kyselin, enzymatické reakce, mapování genomů, sekvenční analýza, klonování DNA a genové knihovny, polymerázová řetězcová reakce, základní metody molekulární diagnostiky, průtoková cytometrie, analýza interakcí mezi proteiny a nukleovými kyselinami, a metody analýzy exprese genů. Předmět je určen všem studentům biologie, kteří budou pracovat v laboratořích základního nebo aplikovaného výzkumu.

Informace o předmětu v ISu

Předmět je zaměřen na objasnění sruktury prokaryotického genomu, jeho základní složky a jejich vzájemné interakce. Podrobně jsou charakterizovány základní typy plazmidů, mobilních elementů prokaryot. Jsou vysvětleny principy klasické a transpozonové mutageneze a procesy restrikce a modifikace. Detailně jsou popsány mechanismy horizontálního přenosu genů u bakterií, tj. konjugace, tranformace a transdukce. Stručně je též pojednáno o mechanismech evoluce prokaryotického genomu.

Informace o předmětu v ISu

Předmět je zaměřen na objasnění struktury, typu a funkce genomů bakteriálních, živočišných a rostlinných virů. Dále definuje morfologii jejich virionů, typy virové infekce, vzájemnou koexistenci virů a buněk. Vysvětleny jsou principy parazitismu virů, mechanismy jejich reprodukce zahrnující strategii replikace genomu a exprese genů, a životní cyklus v hostitelské buňce. Jsou popsány způsoby šíření virů mezi hostiteli, adaptace na změny prostředí, molekulární mechanizmy perzistence a latence, genetika onkovirů, evoluce virů a jejich role v evoluci hostitelů. Součástí předmětu je i funkce a metabolismus prionů.

Informace o předmětu v ISu

Obsahem předmětu jsou poznatky o základních pricipech přípravy transgenních a geneticky modifikovaných organismů, podmínky pro dosažení účinné exprese transgenů a možnosti využití transgenních organismů ve výzkumu a v praxi s uvedením konkrétních příkladů transgenních bakterií, kvasinekj, rostlin a savců. Součástí přednášky je též informace o legislativních opatřeních a náležitostech vyžadovaných pro nakládání s geneticky modifikovanými organismy.

Více o předmětu v ISu

Kurz je zaměřen na výklad základních metod běžně používaných pro molekulární diagnostiku mikroorganismů. Je určen všem studentům biologie, kteří budou v pracovat v laboratořích základního nebo aplikovaného výzkumu. Důraz je kladen na pochopení principů molekulárně diagnostických metod a způsobů jejich praktického využití. Po absolvování kurzu by měli studenti znát principy metod a získat tak schopnost provádět kvalifikovaná rozhodnutí o tom, jaké metodické přístupy zvolit pro identifikaci a typizaci mikroorganismů na molekulární úrovni. Podrobně je vyložena struktura genomu jednotlivých skupin mikroorganismů a typy polymorfizmů v genomech a popsány metodické přístupy pro molekulární epidemiologii a taxonomii mikroorganismů, přímé a nepřímé diagnostické metody, laboratorní metody pro typizaci patogenů prostřednictvím PCR, genomové typizační techniky jako pulzní gelová elektroforéza, ribotypizace, AFLP, jednolokusová a multilokusová sekvenční typizace. Pozornost je věnována také laboratorní standardizaci, správné laboratorní práci, analýze rozlišovací schopnosti a reprodukovatelnosti, standardům pro kvalitu kontroly a monitorování a vybavení molekulárně mikrobiologické laboratoře.

Informace o předmětu v ISu

Cílem kurzu je zvládnutí běžných aplikací potřebných pro zpracování a analýzu sekvencí nukleových kyselin a proteinů. Posluchači se seznámí s databázovými informačními službami pro molekulární biologii, přístupy pro sekvenování genomů a běžnými manipulacemi se sekvenčními daty. Podrobně jsou vyloženy metody pro posuzování podobnosti sekvencí, mnohonásobné přiložení sekvencí, počítačové vyhledávání genů a predikce struktury proteinů. Součástí přednášky je též informace o srovnávací genomice, fylogenetických studiích a požadavcích na zaslání sekvence do databází.

Více o předmětu v ISu

Předměty patří k základnímu praktickému kurzu Molekulární biologie a obsahují praktické úlohy pro studenty bakalářského programu Experimentální biologie, případně Biochemie. Slouží k osvojení si základních metodických postupů v molekulární biologii, především izolace a manipulace s nukleovými kyselinami a přípravě roztoků používaných v molekulární biologii. Řešené úlohy jsou zaměřeny na izolaci plazmidové DNA, stanovení její čistoty a koncentrace, štěpení DNA restrikčními endonukleázami. Elektroforézou v agarózovém gelu je určena její velikost a je použita k horizontálnímu přenosu procesem transformace. Vyučují se centrifugační metody, hybridizace, polymerázová řetězová reakce a klonování DNA v plazmidových vektorech.

Informace o předmětu Bi4020c v ISu
Informace o předmětu Bi4031c v ISu

V praktickém kurzu na PC si studenti osvojí práci s řadou bioinformatických databází a nástrojů, které jsou běžně využívány v rámci biologického a biochemického výzkumu. Kurzy jsou zaměřeny na bioinformatické databáze, manipulaci se sekvenčními daty, návrh primerů a restrikční analýzu, párové sekvenční přiložení, mnohonásobné sekvenční přiložení, hledání a identifikaci genů, analýzu proteinových sekvencí, anotaci nukleotidové sekvence pro zaslání do databáze, strukturní databáze a předpověď struktury proteinů. Ve cvičení z bioinformatiky je využívána vlastní výuková stránka předmětu.

Informace o předmětu v ISu

Cílem praktického kurzu je absolvování základních molekulárně biologických metod používaných pro analýzu prokaryotického genomu jako je pulzní gelová elektroforéza (PFGE) genomové DNA baktérií, typizační techniky pro epidemiologické a fylogenetické účely založené na AP-PCR a RFLP a jednolokusová sekvenční analýza. Další praktické úlohy z metod bakteriální genetiky se týkají izolace spontánních mutant Staphylococcus aureus rezistentních k antibiotikům metodou gradientních ploten, fluktuační test a stanovení mutační rychlosti, konjugace E. coli a izolace auxotrofních mutant.

Informace o předmětu v ISu

Předmět je zaměřen na kultivační a purifikační techniky bakteriálních virů,
stanovení růstových vlastností viru, izolaci indukovaných mírných bakteriofágů, izolaci spontánních virových mutant na rezistentních kmenech a srovnávací analýzu změn v genech asociovaných s hostitelským spektrem. Součástí předmětu je také úvod do sekvenování 3. generace a základní bioinformatické postupy při analýze virových genomů. Po absolvování tohoto kurzu by studenti měli být schopni provést a plně porozumět experimentům spojeným s výzkumem bakteriálních virů, a to od získání vstupního materiálu, až po analýzu a interpretaci experimentálních dat.

Informace o předmětu v ISu

Cílem praktického kurzu je zvládnutí metod pro manipulaci s DNA a klonování genů. Praktické úlohy jsou zaměřeny na klonování ve vektorech řady pBluescript a přípravu rekombinantního proteinu klonováním v transkripčním a translačním fúzním vektoru. Pro řešení těchto úloh studenti zvládnou návrh sekvencí primerů, modifikaci konců DNA prostřednictvím PCR, purifikaci nukleových kyselin pomocí komerčního kitu, defosforylaci konců vektoru alkalickou fosfatázou, ligaci vektorové a cizorodé DNA, přípravu a transformaci kompetentních buněk, identifikace rekombinantů, Southernův přenos DNA na hybridizační membránu, hybridizaci DNA se značenou sondou a imunologickou detekci, funkční testy exprese klonovaného genu a izolaci restrikčních endonukleáz Sau3AI a Sau96.

Informace o předmětu v ISu

A basic practical course in molecular biology methods for students of the English postgraduate master's program in Molecular and Cell Biology. The course includes tasks representing a complete cloning experiment including plasmid DNA isolation, determination of its purity and concentration, PCR, DNA digestion with restriction endonucleases, agarose gel electrophoresis, cloning, transformation and selection of successfully prepared transformants.